Les coopératives apparaissent historiquement comme des organisations au cœur de la transition sociale en promouvant des formes d'entreprises et d'économies plus démocratiques et solidaires, et aussi plus respectueuses de l'environnement. Dans une perspective historique et contemporaine, cet article s'intéresse aux innovations sociales produites par les écosystèmes coopératifs, c'est-à-dire de changements institutionnels intentionnels produites par des regroupements de coopératives qui font le choix de s'organiser collectivement dans une perspective de transition sociale et écologique. Deux cas d'écosystèmes coopératifs français sont étudiés : la Fédération nationale des coopératives de consommation (FNCC) au XXe siècle, et aujourd'hui les Licoornes. Sur le plan théorique, cet article vient enrichir l'analyse des processus de changements institutionnels avec sa grille d'analyse mésocritique pour apprécier les processus de différenciation ascendants, opérés par des écosystèmes coopératifs, par l'innovation sociale-écologique porteur de transformation sociale. Sur le plan empirique, nous en tirons quelques conclusions sur ce qui favorise ou entrave leur capacité à établir de nouvelles régulations systémiques dans une perspective de transition sociale et écologique. Nous relevons ainsi plusieurs enjeux, comme l'intercoopération et la co-construction des politiques publiques, constituant des conditions centrales dans le changement d'échelle des innovations sociales des écosystèmes coopératifs contemporains.